Священномученик Иоанн Петрович Попов родился 20 июня 1865 года в селе Бурдуково Грязовецкого уезда Вологодской губернии в семье диакона Бурдуковской Никольской церкви.

По семейным обстоятельствам в 1885 года вышел из II класса Вологодской Духовной семинарии.

25 октября 1885 года определен псаломщиком к Шежамской Спасо-Преображенской церкви Яренского уезда Вологодской губернии.

В 1889-1900 годах служил во славу Божию учителем церковного пения в Айкинской земской школе Шежамского прихода. За прилежное служение 3 мая 1889 года посвящен в стихарь.

12 февраля 1901 года уволен от места и «за нетрезвость и допущенные в таком виде беспорядки при совершении вечерни» отправлен на монастырское послушание в Коряжемский Никольский монастырь.

По окончании послушания – 30 мая 1901 года определен и допущен псаломщиком к Важкурьинской Богородицкой церкви Усть-Сысольского уезда Вологодской губернии, и только 28 августа 1906 года утвержден в сей должности.

С 1901 года был учителем пения.

В 1901-1905 годах исполнял обязанности законоучителя.

С 1911 года был законоучителем в Важкурьинской Церковно-приходской школе.

С 1912 года – учитель пения Важкурьинского земского училища.

С мая 1903 года являлся лектором народных чтений.

В 1909 году за заслуги перед просвещением награжден серебряной медалью на двойной Владимирской и Александровской ленте.

После 1917 года проживал в селе Важкурья, состоял псаломщиком Важкурьинской Богородицкой церкви.

С 1922 года проживал в селе Керчемья Усть-Куломского уезда Коми АО, там же служил священником Иоанно-Предтеченской церкви (дата рукоположения не установлена).

В 1932 году был арестован за сокрытие ценностей, но освобожден без суда.

2 сентября 1937 года был арестован и содержался в Сыктывкарской тюрьме НКВД. Обвинялся в том, что «на протяжении ряда лет ведет контрреволюционную агитацию против мероприятий партии и советской власти в частности против колхозного строительства, распространял провокационные слухи пораженческого характера о предстоящей войне и гибели советской власти, высказывал сожаления после расстрела врагов народа, японо-немецких шпионов Тухачевского, Якира и др.». Осужден 21 сентября 1937 года Тройкой при УНКВД Коми АССР по статье 58.10 УК РСФСР к высшей мере наказания – к расстрелу. Приговор приведен в исполнение в Сыктывкаре 23 сентября 1937 года.

Священный Синод Определением от 6 октября 2001 года причислил иерея Иоанна Попова к лику святых и включил в Собор новомучеников и исповедников Российских ХХ века.